Pertamakali Habib Luthfi Bin Yahya berjumpa dengan Mbah Malik Kedung Paruk saat ia masih mondok di Kiai Bajuri Indramayu. Kiai Bajuri adalah sosok yang sangat luas ilmunya, khususnya dalam bidang fiqih. Setiap kali Kiai Bajuri menjawab permasalahan dalam ilmu fiqih, beliau menjelaskannya dengan empat madzhab sekaligus. Dan hampir tidak terlihat perbedaan antar empat madzhab setiap kali beliau menjelaskan permasalahan, karena saking luasnya ilmu dan kepandaiannya dalam menempatkan persoalan fiqih.
Begitu juga maqam (derajat) kewaliian Kiai Bajuri sangat tinggi. Beliau adalah termasuk wali autad. Dalam dunia tasawuf wali autad hanya ada 4 dalam 1 abad. Seminggu sebelum Kiai Bajuri wafat, kaki beliau tertusuk oleh paku hingga tembus ke atas. Kiai Bajuri berkata kepada Habib Luthfi, “Anu Yik (Habib), setiap orang dapat rizkinya berbeda-beda.”
Sontak perkataan Kiai Bajuri itu membuat Habib Luthfi kaget, “Orang tertusuk paku kok dibilang rizki?”
“Tapi tidak usah khawatir Yik, nanti ada guru yang lebih hebat dari saya. Beliau adalah guru saya, namanya Mbah Malik. Tapi jangan kaget ya Yik, beliau orangnya berambut gondrong,” kata Kiai Bajuri.
Setelah wafatnya Kiai Bajuri, Habib Luthfi langsung menuju ke tempat Mbah Malik di Kedung Paruk, Purwokerto. Sesampainya di sana Habib Luthfi disambut oleh Mbah Malik. Dengan tersenyum Mbah Malik bertanya kepada Habib Luthfi, “Bagaimana Yik dengan Kiai Bajuri?”
Lagi-lagi Habib Luthfi dibuat kaget, dalam hati berkata, “Kedua orang ini kapan ketemunya, dan kapan ngobrolnya?”
Selama Habib Luthfi Bin Yahya mondok di Kedung Paruk lebih banyak menghabiskan waktunya untuk berkhidmah kepada gurunya, Mbah Malik. Bahkan Habib Luthfi bercerita saat dulu mondok di Kedung Paruk ia tidak sempat mengkhatamkan kitab Jurumiyah dan Safinah. Akan tetapi ketika menjelang Mbah Malik wafat, Habib Luthfi-lah yang diamanati oleh Mbah Malik untuk meneruskan kemursyidannya. (Syaroni As-Samfuriy/Syahudi)